De acordo com dados IGC (Índice Geral de Cursos Avaliados da Instituição), referentes a 2016, três instituições de ensino superior de Presidente Prudente estão entre as 10 melhores do país em suas respectivas categorias administrativas.
A FCT/Unesp (Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Estadual Paulista) possui conceito 4 e se destaca como a terceira universidade pública estadual mais bem avaliada em âmbito nacional. Já entre as instituições privadas, a Unoeste (Universidade do Oeste Paulista) é considerada a quinta melhor do país, também com nota 4. Quanto aos centros universitários, a Toledo Prudente garante a oitava colocação, apresentando índice 4.
De acordo com o Inep, o IGC é um indicador de qualidade cujo cálculo é feito anualmente e leva em conta a média do CPC (Conceito Preliminar do Curso) do último triênio; a média dos conceitos de avaliação dos programas de pós-graduação stricto sensu, a partir de dados da Capes (Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior); e distribuição dos estudantes entre os diferentes níveis de ensino, graduação ou pós-graduação stricto sensu.
Unoeste menciona que os resultados das avaliações externas mostram que a instituição “segue avançando com a oferta de ensino de qualidade” e que “supera os requisitos de exigência do órgão do governo federal [MEC], com infraestrutura avaliada como excelente; corpo docente com mais de 80% de mestres ou doutores; e projeto pedagógico atualizado”. A universidade enfatiza a sua expansão para outros municípios paulistas, inicialmente com a implantação do curso de Medicina em Jaú e Guarujá, onde as atividades acadêmicas estão previstas para iniciarem já no primeiro semestre de 2018. 
A Toledo Prudente, por sua vez, pondera que “investe continuamente e intensamente não apenas em estrutura, mas qualidade, inovação, empreendedorismo e tecnologia para formar profissionais diferenciados e que façam a diferença no mercado de trabalho”. (Com O Imparcial)